Las causas del accidente apuntan a una posible colisión con una aeronave de la Guardia Costera japonesa que estaba camino a la base del aeropuerto de Niigata para entregar ayuda a la región golpeada por el terremoto. El avión también ha entrado en llamas. La policía habría confirmado que de los seis ocupantes a bordo, el capitán habría logrado escapar y se encuentra en estado grave. Los cinco restantes habrían sido localizados sin vida.
Los 367 pasajeros y 12 miembros de la tripulación del otro avión han sido evacuados del vuelo 516 de la compañía Japan Airlines procedente del Nuevo Aeropuerto Internacional de Chitose, Hokkaido (norte de Japón). El aparato ha comenzado a arder poco después de las 18 (hora local, 9GMT) al entrar en el aeropuerto de Haneda en Tokio. El portavoz del aeropuerto ha comunicado que todas las pistas han sido cerradas a raíz del incidente.