El CNI pidió el aval del Tribunal Supremo para espiar con el software Pegasus el móvil del presidente de la Generalitat, Pere Aragonès, entre julio de 2019 y marzo de 2020, argumentando que era quien coordinaba las acciones de los CDR en Cataluña. Así lo adujeron los servicios secretos ante el juez del Supremo encargado del control del CNI, según consta en los autos que autorizaron el uso de Pegasus en el móvil de Aragonès, facilitados por el Gobierno al juez que investiga el espionaje al presidente catalán tras desclasificarlos.
En la querella que presentó contra la exdirectora del CNI, Paz Esteban, y el grupo israelí NSO que comercializa Pegasus, Aragonès detallaba inicialmente tres ataques a su móvil los días 4, 5 y 13 de enero de 2020 -coincidiendo con la investidura de Sánchez-, pero un informe pericial posterior amplió el período en que el teléfono pudo estar infectado entre julio de 2018 y marzo de 2020.