O Proxecto Mil Ríos ten catro eixes principais, como a eliminación e o control de especies exóticas invasoras, tanto de fauna coma de flora, nos corredores fluviais, humedais e marismas; e a recuperación e mellora de hábitats e especies, sobre todo das especies ameazadas, entre as que se atopan o salmón, a anguía, o reo ou o sábalo, así como das que son propias neste tipo de hábitats, o galápago europeo, o mexillón de río, o cangrexo de río autóctono ou a toupa de río.
Un terceiro obxectivo é o seguimento de peixes migradores dos ríos de Galicia, grazas á instalación de sistemas de conteo e detección de peixes nestes catro ríos, con equipamento de seguimento de última xeración, como poden ser os contadores en escala con vídeo, antenas de detección e sistemas de detección de marcas acústicas. E no caso concreto do Ulla, inclúe melloras para convertelo en índice de seguimento das poboacións de peixes que migran entre auga doce e salgada (diádromos) a nivel europeo.
A conselleira de Medio Ambiente, Territorio e Vivenda, Ángeles Vázquez, salientou que esta actuación se enmarca nun dos retos do seu departamento da proposta do seu departamento para os Next Generation: a conservación e restauración de ecosistemas e biodiversidade en Galicia.