As causas do accidente apuntan a unha posible colisión cunha aeronave da Garda Costeira xaponesa que estaba camiño á base do aeroporto de Niigata para entregar axuda á rexión golpeada polo terremoto. O avión tamén entrou en chamas. A policía confirmaría que dos seis ocupantes a bordo, o capitán lograría escapar e atópase en estado grave. Os cinco restantes serían localizados sen vida.
Os 367 pasaxeiros e 12 membros da tripulación do outro avión foron evacuados do voo 516 da compañía Japan Airlines procedente do Novo Aeroporto Internacional de Chitose, Hokkaido (norte do Xapón). O aparello comezou a arder pouco despois das 18 (hora local, 9GMT) a o entrar no aeroporto de Haneda en Tokio. A voceira do aeroporto comunicou que todas as pistas foron pechadas a raíz do incidente.