A expansión do coronavirus polo corpo pon en alerta ao sistema inmunitario, que responde a través de múltiples e complexos mecanismos para deter a súa proliferación e atacar ás células infectadas. É o comezo da fase clínica da enfermidade, onde os síntomas e signos que padece unha persoa están provocados non só pola acción do coronavirus, senón tamén polos sistemas de defensa do corpo humano contra este, a través de mecanismos como a inflamación. Os síntomas adoitan comezar nas vías respiratorias superiores e van baixando progresivamente, pasando polos bronquios ata que, nalgunhas persoas, chega ata os pulmóns.
A enfermidade que provoca o COVID-19 pode presentarse clinicamente cuns signos e síntomas moi variados segundo as características das persoas. Con todo, a tose seca (68% dos pacientes afectados), a febre (88%) e a dificultade respiratoria (19%) son tres signos crave para sospeitar desta nova enfermidade. Outros síntomas moi frecuentes, segundo rexistrou a Organización Mundial da Saúde (OMS), son fatiga xeral (38%), expectoración (33%), dor de garganta (14%), dor de cabeza (14%), dor muscular ou articular (15%), calafríos (11%), náuseas ou vómitos (5%), conxestión nasal (5%), diarrea (4%) ou expectoración de sangue. Ademais, múltiples profesionais sanitarios tamén observaron que algúns afectados perden o sentido do olfacto e do gusto durante varios días. Durante a fase clínica é cando se produce a liberación máxima de virus polas mucosas respiratorias, aínda que isto tamén pode darse, en menor medida, nunha etapa asintomática ou no proceso de recuperación.
En realidade, síntomas como a febre ou a dor de cabeza non están provocados polo virus, senón pola resposta inmunitaria do corpo humano para loitar contra este. Algo similar ocorre coa morte, non é só o coronavirus o que provoca o falecemento (aos parasitos non lles adoita interesar matar aos seus hospedadores), senón que, nalgúns casos, está tamén causado por unha resposta inmunitaria descontrolada (chamada «tormenta de citoquinas») que pode provocar fallo multiorgánico. Aínda que de momento non se sabe como, o coronavirus pode desencadear unha inflamación desproporcionada que causa máis dano que beneficio no paciente.
Cando o virus consegue desprazarse aos pulmóns e o sistema inmunitario responde prodúcese a pneumonía viral, o principal pesadelo dos profesionais sanitarios nesta pandemia. Esta pneumonía pode provocar desde unha dificultade respiratoria lixeira ata unha verdadeira asfixia pola imposibilidade dos pulmóns para levar o osíxeno ao sangue. O virus interfere neste proceso ao danar ás células dos pulmóns e causar unha gran inflamación que encharca estes órganos, interferindo coa súa función de intercambio de gases.
Afortunadamente, no 80% dos casos por COVID-19 a enfermidade é leve, ata o punto de confundirse con gripes ou arrefriados. Con todo, un 15% dos pacientes mostra síntomas graves que requiren hospitalización e un 5% desenvolve síntomas moi graves que deben tratarse en unidades de coidados intensivos.